Malgré que les eaux souterraines se trouvent confinées sous une couche de terre plus ou moins épaisse, elles peuvent subir des perturbations aussi bien sur le plan qualitatif que quantitatif.
Par exemple souillées par l'infiltration de produits agricoles comme les produits fertilisants ou phytosanitaires, de résidus provenant de décharges, d'eaux usées ou de déchets.
Quand au débit des eaux souterraines, elles peuvent subir des variations, des déviations ou encore l'asséchement total. Les causes sont nombreuses : colmatage des sols consécutifs à la densification de l'habitat, les réseaux routiers, la construction de tunnels, des travaux de génie civil pénétrant dans la nappe phréatique, sur-pompage, drainages, carrières, extraction de matériaux dans les cours d'eau, pieux forés et forages, etc.
C'est toujours les activités des hommes qui occasionnent ces dérèglements néfastes pour la faune, la flore et globalement préjudiciables à l'environnement !

La première cause de mortabilité dans le monde,

c'est l'eau non potable !

Déchets d’uranium. En un peu plus de 50 ans, la France a extrait environ 76 000 tonnes d’uranium. Ces activités minières ont généré, par la quantité phénoménale de résidus, un véritable problème de pollution environnementale car la production d’uranium est à l’origine d’environ 166 millions de tonnes de résidus miniers qu’il faut bien « caser » quelque part. Il est d’usage de réhabiliter les anciennes carrières à ciel ouvert en les transformant en plan d’eau, les utiliser en remblais ou les immerger dans les anciennes mines.

Aujourd’hui, les mines sont fermées mais les eaux ruissellent toujours.